Pour échapper aux affres de la guerre de Sécession, l'ingénieur Cyrus Smith, son domestique Nab, le journaliste Gédéon Spilett, le marin Pencroff et l'adolescent Harbert décident de fuir à l'aide d'un ballon. Suite à une tempête, ils échouent sur une île déserte. Dès lors, se pose la question de leur survie, à la manière de Robinson. Très vite, ils choisissent de se considérer non plus comme des « naufragés » mais comme des « colons », qui vont faire de l’île une nouvelle Amérique, d’où son nom : l’île Lincoln.

« – Quant à moi, dit le marin, que je perde mon nom si je boude à la besogne, et si vous le voulez bien, monsieur Smith, nous ferons de cette île une petite Amérique ! Nous y bâtirons des villes, nous y établirons des chemins de fer, nous y installerons des télégraphes, et un beau jour, quand elle sera bien transformée, bien aménagée, bien civilisée, nous irons l'offrir au gouvernement de l'Union ! Seulement, je demande une chose.
– Laquelle ? répondit le reporter.
– C'est de ne plus nous considérer comme des naufragés, mais bien comme des colons qui sont venus ici pour coloniser ! »