Les circonstances de la conception et de la publication du roman sont bien connues : du 4 novembre au 25 décembre 1838, Stendhal écrit La Chartreuse de Parme, « ce roman sur l'Italie moderne » auquel il songe depuis plusieurs années. Il envoie le texte à son cousin Romain Colomb qui en vend les droits au libraire Ambroise Dupont pour deux mille cinq cents francs. Du 6 février au 26 mars 1839, Stendhal corrige les épreuves et le livre paraît début avril en deux volumes in-8°. En cinq mois tout au plus donc, et avec une étonnante rapidité et concentration dans le travail, La Chartreuse de Parme voit le jour.
La spontanéité, la vivacité et le caractère d'improvisation du style du roman reflètent l'urgence de la composition chez un romancier que « cela [...] glaçait que de suivre un plan ».
Dès la parution du roman, Balzac s'enthousiasme et le fait savoir, le 25 septembre 1840, dans un long article de la Revue parisienne. Cependant, Balzac fait également part de ses réserves quant à la correction du style, qu'il juge négligé par endroits, et quant à la structure de la première partie. Entre autres conseils, il incite ainsi Stendhal à commencer par la bataille de Waterloo, événement historique, et non par le tableau de Milan, lieu de l'enfance du héros, Fabrice del Dongo.
En juin 1840, à Rome et à Civitavecchia, Stendhal se remet donc au travail en vue d'une nouvelle édition qui tienne compte des remarques de Balzac. C’est de ce travail de réécriture que le manuscrit constitue le dossier. En effet, Stendhal revoit son texte sur de grands feuillets verts dont de nombreux portent biffures, ajouts et corrections. Pourtant, le 9 février 1841, Stendhal renonce soudain à cette seconde Chartreuse de Parme : « Je reviens à l'ordre actuel », écrit-il à même le manuscrit. Ce faisant, il abandonne l'idée d'un début « à la Balzac » et choisit de faire passer l'Histoire et la Politique au second plan, derrière l'histoire individuelle du héros. Le manuscrit porte donc aussi témoignage de la fidélité de Stendhal à son style propre.
Entré dans les collections du département des Manuscrits, le manuscrit est conservé sous la cote NAF 28056 (1-5). Il est le plus corrigé des trois dossiers génétiques répertoriés du roman, les deux exemplaires conservés respectivement à la Pierpont Morgan Library de New York et à la Bibliothèque historique de la Ville de Paris ne comportant que des corrections de détail et non de structure.

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