Le livre suit la formation de l'enfant, de ses premières années où la nature doit être respectée (liv. I), à la découverte d'une raison sensitive ou puérile (liv. II), de la raison abstraite (liv. III) à la révélation des liens sociaux, amoureux et religieux (liv. IV). Le livre V est consacré à l'éducation, parallèle et complémentaire, de Sophie, destinée à devenir la compagne d'Émile. Loin des collèges et des précepteurs des grandes familles qui inculquent d'abord à leurs élèves une conscience de leurs privilèges, Émile est élevé sans préjugé et formé par la seule expérience, judicieusement préparé par son précepteur.
Rousseau eut lui-même cinq enfants avec Thérèse Levasseur, tous confiés à l'assistance publique. Il revient dans ses confessions sur des fautes bénignes mais très peu sur le sort de ses enfants : « Le parti que j’avais pris à l’égard de mes enfants, quelque bien raisonné qu’il m’eût paru, ne m’avait pas toujours laissé le cœur tranquille. En méditant mon Traité de l’Éducation, je sentis que j’avais négligé des devoirs dont rien ne pouvait me dispenser. »
(Les Confessions, Livre XII)